Collecties en databases

NIVIP Collections

Het NIVIP beheert uitgebreide collecties van referentiemateriaal van fytosanitair belangrijke bacteriën, insecten, nematoden, schimmels, virussen, viroïden en fytoplasma's, en invasieve planten. Ook bevat deze collectie soortgelijke of verwante soorten. Een groot deel van deze collectie-items worden bewaard bij -80 °C, of in gedroogde vorm, bijvoorbeeld als herbarium. Hiernaast hebben we ook levende collecties, zoals de virustuin of nematologische microplottuin met levende planten waarin we virussen en nematoden bewaren die zich moeilijk vermeerderen buiten planten. Een deel van dit collectiemateriaal is publiekelijk inzichtelijk via NIVIP Collections.

Nematode Collection Europe (NCE)

De nematodencollectie bestaat uit zo’n 55.000 preparaten van nematoden uit de hele wereld, opgedeeld in typepreparaten en een werkcollectie. De typepreparaten zijn zogenaamde naamdragende preparaten die worden gemaakt bij het beschrijven van een nieuwe nematode. De werkcollectie wordt gebruikt voor identificatie en bij het stellen van diagnoses, voor taxonomisch onderzoek en bij het geven van trainingen (intern en extern).

Ook wordt in de Nematode Collection Europe een nomenclatorische database beheerd waarin nieuwe nematodennamen worden opgenomen, naamsveranderingen bijgehouden, en de synoniemen- en homoniemenhistorie worden vastgelegd.

EPPO-Q-bank

EPPO-Q-bank is een database, mede opgezet door het NIVIP, die dient ter ondersteuning van de diagnostiek op plantenziekten en plagen in de Europese en Mediterrane regio. EPPO beheert de database, waarbij medewerkers van het NIVIP betrokken zijn als curator van de verschillende organismegroepen. EPPO Q-bank bevat betrouwbare sequentiegegevens van plantenziekten en plagen en biedt de mogelijkheid deze met een ‘BLAST’ functie te gebruiken voor vergelijkingen. Er zijn ruim 25.000 sequenties in de database te vinden. Naast sequentiegegevens is er ook informatie te vinden over morfologische, fysiologische, biologische en ecologische kenmerken. De gegevens in EPPO Q-bank zijn gecontroleerd door vakspecialisten. Fysiek referentiemateriaal is beschikbaar bij de aangesloten collecties en kan worden opgevraagd.

Q-Bank Invasive Plants

Voor invasieve planten bestaat er een unieke database: Q-bank Invasive Plants. Deze databank ondersteunt de identificatie van invasieve planten in Nederland en België en de bredere Noordwest-Europese Atlantische zone (noord Duitsland, zuidoost Engeland en noordwest Frankrijk). Q-bank Invasive Plants bevat datasheets en interactieve sleutels voor vaatplanten (exclusief algen en mossen), met speciale aandacht voor waterplanten (niet-mariene planten), omdat deze de meest acute en dreigende problemen veroorzaken in Nederland.

Nextstrain

Nextstrain is een ‘open-source bioinformatics data visualization toolkit’ die kan worden gebruikt om op interactieve wijze de diversiteit en verspreiding van een organisme in beeld te brengen. Hiermee kan snel en helder inzichtelijk worden gemaakt hoe een organisme zich heeft verspreid.

De vakgebieden Moleculaire Biologie en Virologie hebben Nextstrain succesvol toegepast voor de uitbraak van het tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV), een schadelijk virus in tomaat, paprika en Spaanse peper. Door de Nextstrain-analyse werd duidelijk waar de verschillende varianten van het virus zich in Nederland bevonden en zich verspreidden.

Daarnaast is de Nextstrain-analyse toegepast op:

• Synchytrium endobioticum, schimmel die aardappelwratziekte veroorzaakt
• Aziatische tijgermug
• Afrikaanse fruitmot